Το ΚΒΙΕΣ εδρεύει στο Στρδο «Κουτσούκου», εντός του κτιρίου του 414 ΣΝΕΝ. Το τμήμα της Διεύθυνσης Στρατιωτικών Σκύλων (Κτηνιατρική Κλινική-Τμήμα Εκπαίδευσης), έχει αναπτυχθεί στο Στρατόπεδο «ΚΑΡΑΪΣΚΑΚΗ Α΄» (Χαϊδάρι Αττικής).

Η αποστολή του ΚΒΙΕΣ είναι:

• Υγειονομικός και τεχνολογικός- ποιοτικός έλεγχος των κάθε είδους τροφίμων που προορίζονται για τις Ένοπλες Δυνάμεις, από τα πρώτα στάδια της επεξεργασίας μέχρι την κατανάλωση, καθώς και του νερού.
• Έλεγχος του περιβάλλοντος σε σχέση με ραδιολογικές, χημικές και βιολογικές ρυπάνσεις συμπεριλαμβανομένων και των ασύμμετρων απειλών, σε συνεργασία με στρατιωτικούς και πολιτικούς φορείς κατά περίπτωση.
• Υγειονομική και εκπαιδευτική υποστήριξη στρατιωτικά εργαζόμενων σκύλων. Η παροχή Υγειονομικής υποστήριξης αφορά και στους υπηρεσιακούς σκύλους Πολεμικού Ναυτικού, Ελληνικής Αστυνομίας, Πυροσβεστικού Σώματος, Λιμενικού Σώματος και Εθνικής Υπηρεσίας Πληροφοριών.

Για την επίτευξη της αποστολής του, το ΚΒΙΕΣ διαθέτει:

Α. Εργαστήρια Ελέγχου Τροφίμων και Νερών (Μικροβιολογικό, Χημικό, Ιστολογικό, Παρασιτολογικό) και Τμήμα Περιβαλλοντολογικού Ελέγχου, τα οποία εδρεύουν στο Στρατόπεδο «ΚΟΥΤΣΟΥΚΟΥ» (Παλαιά Πεντέλη Αττικής).

Β. Κτηνιατρική Κλινική και Τμήμα Υποστήριξης Στοιχείων ΣΕΣ-Σ, με έδρα το Στρατόπεδο «ΚΑΡΑΪΣΚΑΚΗ Α΄» (Χαϊδάρι Αττικής).